Luego de la muerte de Luca Prodan, Sumo, banda que influenció al género, se había separado, generando dos nuevas bandas: Divididos y Las Pelotas. Esta última sería, de las dos, la banda más relacionada con el rock underground por mantenerse con un éxito y masividad relativa. El tercer álbum de Divididos, La Era de la Boludez, hizo que la banda fuese considerada por ciertos medios como el "lado A" de la herencia de Sumo, opinando que Las Pelotas era el lado B. Manteniendo una rara autonomía y un estilo furioso y melódico similar a otras bandas generacionalmente similares como Patricio Rey, a comienzos de la década de 2000 entra como tecladista Sebastián Schachtel (de La portuaria) y luego de su éxito "Será", la popularidad de Las Pelotas fue en ascenso, particularmente entre un grupo etario más joven. Por su parte, Alejandro Sokol, uno de sus cantantes, desarrolla un tímido proyecto paralelo donde recrea canciones de Luca Prodan, Génesis o David Bowie, se aleja de la banda en 2008 y ocurre su desventurada muerte.
A finales de los años 1990 bandas como La Renga, Bersuit Vergarabat, Los Piojos, Ratones Paranóicos, La Mancha de Rolando, Los Caballeros de la Quema, Viejas Locas y otras bandas barriales dominaban las listas musicales.
En la escena del rock fusión o rioplatense, Bersuit Vergarabat se confirmó como la banda más importante del género y una de las más importantes de la Argentina. Su disco de 1998, Libertinaje, los catapultó a la fama y a giras por Europa y América. Su seguidor, Hijos del Culo (2000) fue doble-platino.Por otra parte, grupos como Bersuit Vergarabat, La Renga o Los Piojos lograron asentar su lugar, su capacidad creativa y se han convertido en grupos muy influyentes en el rock argentino moderno, y populares entre las generaciones más jóvenes, inclusive a nivel internacional. Las mejores bandas del género también cuentan con una inusual versatilidad para coquetear con distintos géneros como el tango, el folk, la música latina y el jazz, entre otros.
A fines de febrero de 1999, durante el festival "Buenos Aires Vivo 3" organizado por el Gobierno de la Ciudad (con entrada libre y gratuita), Charly Garcia sorprendiendo a todos realiza un espectacular concierto en Puerto Madero, convocando entre 130.000 y 300.000 personas (según la fuente).
En abril de 2000, Patricio Rey y sus Redonditos de Ricota realizaron dos recitales en el estadio de River Plate; la asistencia al evento fue de setenta mil espectadores cada noche, lo convirtió en uno de los shows pagos más exitosos de Argentina y marcó, quizás, la cima de su celebridad. Sin embargo, en el 2002, tras prolongadas especulaciones sobre el futuro de la banda, se oficializó la separación de la banda con la presentación del primer trabajo como solista del guitarrista Skay Beilinson, A través del mar de los sargazos.
La escena underground estaba mucho más under que de costumbre a fines de los años 1990, pero, sin embargo era extremadamente creativa. Un estilo que logró cierto espacio fue el llamado nuevo rock alternativo. Formado por una generación más joven estaba fuertemente influenciado indistintamente por bandas originales de los años 1980 como Sumo o Virus, pero fundamentalmente por el éxito de bandas estadounidenses como Nirvana, Red Hot Chilli Peppers o Faith No More. El éxito inicial de Los Brujos desapareció con la disolución de la banda, por su parte Illya Kuryaki and the Valderramas, con dos importantes discos juveniles que mezclaban el hip-hop con nuevas tendencias estéticas se separaron en 2001. Algunas bandas del movimiento 'alternativo' eran Perdón Amadeus, Martes Menta (con Carca que continua una original carrera solista), los platenses Peligrosos gorriones, Massacre, Babasónicos (que estaba en camino a ser una de las bandas de primera línea del rock nacional) y Juana La Loca. El último grupo ganó popularidad con su disco de 1997 Vida Modelo; mientras que el primero fue ganando más seguidores con cada nuevo álbum, hasta llegar a su disco Jessico (2001), calificado unánimemente como el mejor disco del 2001 En la escena alternativa, Yemenita y El Otro Yo siguió ganando seguidores; al igual que un grupo llamado Catupecu Machu, que continuaría escalando posiciones. Santos Inocentes a pesar de no llegar a la primera línea del rock nacional, mantendría sus fans en la escena under. Los Super Ratones, de la ciudad de Mar del Plata, volvieron a la escena alternativa con su disco de 2001, nominado al Grammy: Mancha Registrada.En la escena del metal, Hermética se separó en 1995, dando origen a Almafuerte. Con un sonido más actualizado, Almafuerte pasó a la cabeza del metal nacional, junto con A.N.I.M.A.L. y Rata Blanca. Este último grupo continuó grabando y girando intermitentemente por países de Latinoamérica. O'Connor, exponente del metal clásico, salieron del underground a comienzos de 2000, junto con Cabezones (banda de influencias darks) y Carajo. Una de las bandas más aclamadas y originales por la crítica de la escena del metal es Los Natas. Originalmente un grupo de stoner rock, en sus últimos discos fue pasando a un sonido más experimental y estridente con una propuesta psicodélica que recuerda la parte más furiosa de The Doors, los primeros álbumes de Black Sabbath o Led Zeppelin. Se diferencias estiliticamante del maistream del 'metal' local, aunque reconocen en Pappo's Blues o Color Humano una fuente creativa. Algunos han llamado a esta combinación de estilos (stoner rock, folk, psicodelia y space rock).86 Si bien muchos músicos los consideran una de las propuestas "más interesantes y originales" del nuevo hard rock. La banda, prefiere denominarse como "rock libre".
La Plata es una ciudad que dio muchas bandas de rock progresivo (como Farenheith y Baalbek) y las sigue dando: Akenathon, Ünder Linden, Hexatónica, Quaker. En La Plata se realiza desde 2003 el festival Sinfo Prog.
En 2010 tuvo lugar la primera edición del Festival de Rock Progresivo de la Ciudad de La Plata, que volvió a colocar a esta ciudad a la cabeza de la convocatoria sinfónica y progresiva del país.
En el ámbito punk, Attaque 77 siguió siendo la banda insignia del género, acercándose más a un sonido pop-punk. La estética hardcore de la década de 1990 alero profundamente los estilos más puristas de la década de 1980. Bandas como Fun People además de hacer giras por Europa, se ganó su propio culto, pero se separaron en el 2000. A pesar de la crisis del género, algunas bandas punk nuevas aparecieron o se hicieron más populares como Expulsados, Cadena Perpetua, Smitten y Shaila.
Por el lado del reggae-pop, Los Pericos y Los Cafres dominaron la escena. Aunque la renovación del género se vea impulsada por festivales y bandas nuevas de diferente capacidad de convocatoria y creatividad. El Ska tenía a La Mosca, Los Calzones y Kapanga como las versiones más comerciales con importante éxito nacional e internacional, pero Los Fabulosos Cadillacs seguían siendo la banda más famosa del género, mezclando rock, ska, rap, reggae y música latina, hasta su separación. Las bandas ska más underground que nacieron en la década de 1980 inspiradas el el rock steady británico han desaparecido en su totalidad. Inspiradas en la creatividad y el estilo brit-fussion de Sumo, los estilos del ska, el reggae y el punk no trascendieron la década de 1980 con la fuerza alternativa que las caracterizaba. Solo Dancing Mood, Mimi Maura, Cienfuegos o La Portuaria suponen un intento de ese espíritu creativo para un público de las clases medias sensible a la fusión contemporánea con ritmos latinos.
Viejas Locas es una banda argentina de rock que comenzó durante la década de los 90. Se originó en Buenos Aires, siguiendo la línea de las bandas influenciadas por los Rolling Stones y también por el género del blues.
Los Redondos crearon con su música una original estética del rock, alcanzando masividad sin entrar en el circuito cultural oficial; manteniendo su independencia de la industria musical y transformándose en la única banda que, por principios, jamás se apoyó en la TV para difundir su trabajo. En general los recitales eran promovidos por el boca en boca, método que posteriormente sería utilizado por grupos como Los Piojos y La Renga.
